Parko teritorijoje yra įkurti Bražuolės ir Veprių botaniniai draustiniai, kuriuose saugomos retos ir nykstančios augalų rūšys, taip pat pietų Lietuvai būdingi miškai. Giriose rasime retus gamtos paminklus, tokius kaip Dūkštų, Veigeliškių ąžuolas bei "Ąžuolų karalienę". Dūkštų ąžuolyne esantis mįslingas akmuo su senoviniais runų rašmenimis yra įtrauktas į saugomų kultūros vertybių sąrašą. Dūkštų, Elniakampio, Kulio ir Sviliškių kraštovaizdžio draustiniuose saugomi Dūkštų ąžuolynai, Velniakampio, Beržiuko, Karalaitės ir Veprių ežerėliai, Saidžių šaltinis.
     Saugotini reto grožio Aliosios ir Čekonės hidrografiniai bei Semeniukų zoologinis kompleksai. Čia rado prieglobstį ne vienas gyvūnėlis, įtrauktas į Lietuvos raudonąją knygą. Tai miškinė miegapelė, pievinė lingė... (Plačiau)